В мануале отнсительно функции fgetcsv имеется Замечание:
| Цитата |
| Эта функция принимает во внимание настройки локали. К примеру, если LANG установлена в en_US.UTF-8, то файлы в однобайтовой кодировке будут неправильно прочитаны этой функцией. |
setlocale(LC_CTYPE => 'ru_RU.UTF-8');