Если Вам нужна действительно серьезная защита, то одной обфускацией не обойтись.
Придется привязываться к какому-то ключу - аппаратному или программногому.
Навскидку могу предложить ключи HASP(Sentinel HASP).
Часть кода придется вынести во внешнюю библиотеку, которую будете инклудить в
php.
И уже эту библиотеку "привязывать" к ключу. Есть как API, так и утилиты для автоматической защиты.
Подробней можете посмотреть у них на офф. сайте:
http://safenet-sentinel.ru/