Что сделал - переехал на новый сервер более мощный, на прошлом нагрузка на БД была маленькой, там 1-2% WCPU. Сейчас вижу вот эту запись в TOP:

Может быть что-то запущено, вроде тестовых операций? То есть не должно было быть так на ровном месте безумная нагрузка.

_____________
Обучаю веб-программированию качественно и не дорого: http://school-php.com
Фрилансер, принимаю заказы: PHP, JS, AS (видео-чаты). Писать в ЛС (Личные сообщения на phpforum).

А посмотри не побились (не закосматились) ли индексы в таблицах. И не крашнулись ли таблицы какие?
Установи mytop.
и через mytop промониторь чего там оно покажет.
И просто ребутни mysql сервер для начала.

Ещё смотри если ты используешь innodb то по умолчанию в большенстве случаев они выключены их надо включить в my.cnf
Можешь его содержимое сюда тоже выложить посмотреть чего там.

- ребут делал.
- Использую InnoDB, если бы был выключен, то сайт бы не запускался, не мог бы движок найти. (крах тоже самое)
- Если бы не было индексов, то я бы видел медленные запросы в slow query, а там почти пусто. Мельком проверил, всё на месте.

mytop не установлен, а чем он поможет?

_____________
Обучаю веб-программированию качественно и не дорого: http://school-php.com
Фрилансер, принимаю заказы: PHP, JS, AS (видео-чаты). Писать в ЛС (Личные сообщения на phpforum).

Да майтоп это мониторинг процессов в Mysql
а покажи my.cnf содержимое. И какая версия mysql сервера то кстати?
И если у тебя linux то установи htop ещё и посмотри что в нём так как на линуксах top некатируеться на линуксе лучше htop