Можно ли организовать доступ к папке с php файлами только в том случае если установлена $_SESSION['user']
через .htaccess или еще как, пробовал закрывать доступ напрямую к файлам, разместив в папке файлик с .htaccess c Deny from all,
но не то(доступ блокируется и тогда когда не должен).

dvs
средствами .htaccess нельзя, апач ничего не знает о сессиях php. Можно реврайтами все статические запросы перенаправить на php скрипт, который будет определять права доступа, и отдавать файл сам, или использовать accel redirect для nginx

PHP часть для объявления

<?php
$admin_cookie_code="1234567890"; 
setcookie("AdminSession",$admin_cookie_code,0,"/");
header("Location: /admin/index.php");
?>

.htaccess

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/admin
RewriteCond %{HTTP_COOKIE} !AdminSession=1234567890
RewriteRule .* - [L,F]

_____________
Ex3m.com.ua — Активный образ жизни

dron4ik
то же вариант, но сессии надежней

killer8080
По верху можно накрутить что угодно...

_____________
Ex3m.com.ua — Активный образ жизни