Каталог сайтов хранишь в таблице сайтов в БД.
Главный роутер меняешь так, чтобы он проверял данное название из $_GET['page'] с нужной тебе таблицей, и если находил - подгружал модуль с выводом конкретного сайта из каталога, если поиск завершился и ничего не нашли (!mysql_num_rows), то подгружаешь стандартный роутер.
В общем, ЧПУ трогать не надо, оставляем стандартный, подправим лишь роутер.
_____________
Обучаю веб-программированию качественно и не дорого:
http://school-php.comФрилансер, принимаю заказы: PHP, JS, AS (видео-чаты). Писать в ЛС (Личные сообщения на phpforum).