Нет, лучше strtr.

Меньше ресурсов кушает?

Нет, не в этом дело, у str_replace есть свои подводные камни, когда в реплейс передается массив, она может перезаписать вставленный её же текст, если в нем окажутся совпадения со следующими элементами массива замены. Это может привести к непредсказуемому результату. В данном случае, если нужно заменить только одну подстроку, проблем не будет, но обычно в шаблонах делают замену пачкой, вот тут то можно наступить на грабли.

Именно так, дабы не быть голословным, накидал тестовый пример

$tpl = '%Header% %Nav%'; 

$replace = array( 
    '%Nav%'    => '<ul> <li>Navigation</li> <li>some %Header%</li> </ul>', 
    '%Header%' => '<h1>Header text</h1>' 
); 
echo strtr($tpl, $replace); 
echo '<hr />'; 
echo str_replace(array_keys($replace), $replace, $tpl);

strtr в начале ищет в тексте все позиции искомых подстрок, а только потом делает замену, в отличии от str_replace, которая последовательно заменяет подстроку за подстрокой, при этом поиск происходит по уже измененному тексту на предыдущей итерации.

Увы, нет.

$z = "zzzzzzzzzzzzzzzz";
$z = str_replace("zz","z",$z);
echo $z;

Получим никак не "z", получим "zzzzzzzz".