В самом использовании синглтонов ничего плохого нет, другое дело, что не всегда очевидно, должен ли экземпляр класса быть единственным или нет.

Рассмотрим класс подключения к базе данных.

Классически, в php он реализуется как синглтон, подключается один раз и используется до конца выполнения скрипта. Это удобно, быстро и не несет в себе никаких подводных камней, т.к. время жизни скрипта обычно ограничено выполнением одного http-запроса.

Теперь рассмотрим крупное бизнес-приложение, которое должно работать непрерывно (если это сервер) или хотя бы на протяжении рабочего дня. Здесь другой подход: соединение с базой осуществляется каждый раз перед выполнением запроса(группы запросов) и завершается сразу после. Такая техника упрощает:
- восстановление работы после обрыва соединения;
- разработку многопоточого приложения. Потоки в этом случае не конфликтуют за единственное подключение к базе.

Единственная причина, на мой взгляд, почему синглтон "в опале" у опытных программистов, это то, что если в начале разработки системы программист его неправильно применил, то это может повлечь серьезную переработку кода в дальнейшем.