$file = file('file.txt');
$lastUpd = $file[0]; // Получили допустим 1223102; Это число совершенно условное и написано хаотичным тыканием по цифрам клавы.
$number = $file[1]; // получили 120;

//Теперь нам надо увеличить число.

$curTime = time(); //Получили текущее время. Например оно получилось равным 1226102
// Проверяем. Дата последнего обновления меньше текущей или нет.
// Если да выполняем код.
if ($lastUpd < $curTime)
{
    // Вычисляем разницу во времени
   $difTime = $curTime - $lastUpd; // (1226102 - 1223102 = 3000). Это разница во времени. 3000 секунд.
   // Считаем кол-во пятиминуток. (Шаг обновления числа) Для наглядности получения кол-ва секунд пишу развернуто, а то всякое бывает.
   $stepTime = 5*60;
   // Теперь нам надо узнать сколько пятиминуток вход в интервал прошедшего времени.
   $count = $difTime / $setTime. // (3000 / 300 = 10). И так прошло 10 пятиминуток.
   // Теперь нам нужно прибавить к нашему числу 10 рандомных чисел 1 или 2. Если конечно есть попадает хотя бы одна пятиминутка.
   if ($count > 0)
   {
       for($i=0; $i<$count; $i++)
          $number += mt_rand(1,2);
   }

  //Число получили. Запишем его обратно в файл.
  $fop = fopen('file.txt', 'w');
  // Для исключения и того малой погрешности, все таки получим текущее время еще раз.
  $curTime = time();
  //Сформируем строку записи и запишем..
  $result = $curTime.'\r\n'.$number;
  $fwr = fwrite($fop, $result);
  fclose($fop);
}