Дело привычки, у PHP много документации, это Вам не реликтовые языки изучать, где отсутствует документация и иногда даже исходный код

Посмотрел по поводу папок, все описано верно, но не всегда актуально. Подобная структура скорее подойдет для проекта, который не пару часов будет разрабатываться и 1 раз.

Да и вообще если, все будут делать по стандарту, чужой код будет легче изучать и править

Не уверен на, что Вы надеетесь, но я когда начинал, вникал вначале в простые вещи, функции, затем классы, затем очень долго думал, что такое ООП, о котором говорят много и говорят, что это круто и мощно ) Изучал чужой код, но не какой нибудь говнокод, а например phpdaemon и делал выводы для себя, брал мелкие кусочки с разных мест, делал что-то свое, курил php.net и чужой код, ибо ответов на вопросы обычно сложно найти и когда уже приобрел некоторый багаж знаний начинал курить модели и патерны, чисто ради интересу, узнал много нового.

Скажем так однажды человек поймет, что его велосипед был моделью MVC с одним из паттернов, просто он не знал об этом.

А некоторые вещи вообще нафиг не нужны в вебе ) Хотя некоторые активно используют матрицы в php