Я так понял из-за вот этого места может for($j = 0; $j < 6; $j++){
Если написать там for($j = 0; $j < 5; $j++){ тогда выведет без ошибки, но выведет не все рабочие дни этого месяца.

Вот взял исходник, нашел папку этого календаря и выдает что 1 июня это воскресенье, что за бред? Автор книги ошибся что ли?
Что может не правильно быть в коде, как-то странно. Вот оригинал автора с книги. Вот на сервер забросил результат http://santa.comoj.com/

<?php ## Календарь на текущий месяц.
// Функция формирует двумерный массив, представляющий собой
// календарь на указанный месяц и год. Массив состоит из строк,
// соответствующих неделям. Каждая строка - массив из семи 
// элементов, которые равны числам (или пустой строке, если
// данная клетка календаря пуста).
function makeCal($year, $month) {
  // Получаем номер дня недели для 1 числа месяца. Корректируем 
  // его, чтобы воскресенье соответствовало числу 7, а не числу 0.
  $wday = JDDayOfWeek(GregorianToJD($month, 1, $year), 0);
  if ($wday == 0) $wday = 7;
  // Начинаем с этого числа в месяце (если меньше нуля 
  // или больше длины месяца, тогда в календаре будет пропуск).
  $n = - ($wday - 2);
  $cal = array();
  // Цикл по строкам.
  for ($y=0; $y<6; $y++) {
    // Будущая строка. Вначале пуста.
    $row = array();
    $notEmpty = false;
    // Цикл внутри строки по дням недели.
    for ($x=0; $x<7; $x++, $n++) {
      // Текущее число >0 и < длины месяца?
      if (checkdate($month, $n, $year)) {
        // Да. Заполняем клетку.
        $row[] = $n;
        $notEmpty = true;
      } else {
        // Нет. Клетка пуста.
        $row[] = "";
      }
    }
    // Если в данной строке нет ни одного непустого элемента,
    // значит, месяц кончился.
    if (!$notEmpty) break;
    // Добавляем строку в массив.
    $cal[] = $row;
  }
  return $cal;
}

// Формируем календарь на текущий месяц.
$now = getdate();
$cal = makeCal($now['year'], $now['mon']-1);
?>
<!-- Шаблон вывода календаря. -->
<table border=1>
  <tr>
    <td>Пн</td>
    <td>Вт</td>
    <td>Ср</td>
    <td>Чт</td>
    <td>Пт</td>
    <td>Сб</td>
    <td style="color:red">Вс</td>
  </tr>
  <!-- цикл по строкам -->
  <?foreach ($cal as $row) {?>
    <tr>
      <!-- цикл по столбам -->
      <?foreach ($row as $i=>$v) {?>
        <!-- воскресенье - "красный" день -->
        <td style="<?=$i==6? 'color:red' : ''?>">
          <?=$v? $v : " "?>
        </td>
      <?}?>
    </tr>
  <?}?>
</table>

Вроде работает, не совсем въехал в эту строку, объясните её если кто может.

  $wday = JDDayOfWeek(GregorianToJD($month, 1, $year), 0);

Вроде разобрался, возращается день недели, а вот здесь Не могу понять, почему здесь -2?

 $n = - ($wday - 2);