Например тем, что можно набросать EER-диаграмму, проставить связи между таблицами, нажать "Forward Engineer" и за две секунды получить DDL таблиц со всеми индексами, внешними ключами, констрейнтами и т.д. Или наоборот, из имеющейся базы с помощью "Reverse Engineer" за пару кликов получить диаграмму со связями. И многое другое.

Я не говорил про "автоматически". Какие определишь, такие и создаст. Просто sql-код создается автоматически на основе диаграммы, в которой (при желании) можно сразу определить индексы, как одиночные, так и составные. Уникальные ключи, составные ключи, значения полей по умолчанию, формат.

К тому же, можно создавать пользователей, определять привилегии, ограничения (например, чтобы определенный пользователь не мог сделать больше определенного числа запросов в час) и т.д.

Причем, все это наглядно и интуитивно понятно.

В общем, разобраться с MySQL Workbench стоит.

Составить наглядную диаграмму на бумаге будет накладнее.

Малые до 5 таблиц я тоже в голове продумаю. На бумаге только для напоминалочки зарисовываю. А вот 25+ таблиц в голове продумать да еще это дело запомнить... Смысл диаграммы в том, что глянул на нее и освежил в памяти. А так прийдется в пыхадмин тыкаться постоянно, что лично меня очень напрягает.

Мне даже не нужно, чтобы программа понимала или генерировала запросы. Только наглядное и понятное представление сложной базы данных.

Я ни на что не намекаю и в способностях твоих никогда не сомневался. Я говорю о том, что мне проще иметь зрительное представление большой базы, а не держать ее в уме. Обычная память у меня плохая, а вот зрительная, отличная.