Второй запрос у тебя выглядит очень странно
Почему условия в SELECT и где WHERE?

Выборка без части WHERE

SELECT ... FROM 
a, b

равноценна

SELECT ... FROM
  a CROSS JOIN b

А этот тип объединения - самый "объемный" - в этом случае каждая строка первой таблицы соединяется с каждой строкой второй таблицы. И если в таблицах по миллиону записей, в результате имеем один ТРИЛЛИОН строк результата. Тут любой сервер надорвется.

И, да, присоединяюсь к Visman - запрос странный.

Placido, Второй запрос я сделал в dbForge, как он мне написал запрос так я и поставил) Помогите мне, направьте меня в нужное русло)

SELECT * FROM price_1, price_2 WHERE 
price_2.nomer LIKE '%$que%' OR
price_2.kod_index LIKE '%$que%' OR
price_2.name LIKE '%$que%'OR 
price_1.nomer LIKE '%$que%' OR
price_1.name LIKE '%$que%' OR 
price_1.kod_index LIKE '%$que%'

Так тоже не работает.
Я так понимаю что мне необходимо выполнить какую-то оптимизацию запроса, но я не знаю. Помогите

Та же ошибка.

Ошибка из-за того, что между таблицами не установлено соответствие.

Возможно там два SELECT нужно связать через UNION, если нет соответствия между данными из разных таблиц.

через UNION пишет

Incorrect key file for table '/tmp/#sql_2b93_2.MYI'; try to repair it

Такое пишут

Ошибка, потому что памяти не хватает, чтобы вернуть 1 000 000 000 000 строк (столько получится если в таблицах по миллиону записей). Сделайте два запроса через UNION, как предложил Visman. А вообще, не совсем понятно что и в каком виде вы хотите получить. И покажите ваш запрос с UNION.

    $query = mysql_query("
	SELECT * FROM price_1 WHERE nomer LIKE '%$que%' OR kod_index LIKE '%$que%' OR name LIKE '%$que%'
	UNION
	SELECT * FROM price_2 WHERE nomer LIKE '%$que%' OR kod_index LIKE '%$que%' OR name LIKE '%$que%'
	") or die(mysql_error());

С запросом, вроде, все в порядке.
См. ответ Visman. Видимо, не хватает места на диске.

То есть это правильный запрос к БД? Так и делают поиск с такими объемами таблиц? Я слышал что надо использовать какие-то индексы, но я ничего не смог найти полезного.

Индексы влияют только на скорость выборки. Вам нужно смотреть в сторону секционирования (partitioning), еще это называют "партиционированием". См., например, здесь.

Выполнится такой запрос?

	SELECT nomer FROM price_1 WHERE nomer LIKE '%$que%' OR kod_index LIKE '%$que%' OR name LIKE '%$que%'
	UNION
	SELECT nomer FROM price_2 WHERE nomer LIKE '%$que%' OR kod_index LIKE '%$que%' OR name LIKE '%$que%'

или такой

	(SELECT nomer FROM price_1 WHERE nomer LIKE '%$que%' OR kod_index LIKE '%$que%' OR name LIKE '%$que%' LIMIT 1)
	UNION
	(SELECT nomer FROM price_2 WHERE nomer LIKE '%$que%' OR kod_index LIKE '%$que%' OR name LIKE '%$que%' LIMIT 1)

Как мне выйти с данной ситуации? Если я буду использовать вместо like =, то я смогу искать по двум таблицам?
Для меня like не совсем подходит) Я хотел реализовать поиск с не полным совпадением, например ищут 224.132\21 а в базе есть строка с 22413221, так я не знаю как мне её выбрать и вывести)

egorchech, равенство тут не подойдет, остается LIKE.
Можно создать таблицу слов (словарь) в каждой строке которого будет записано слово, указатель на таблицу и указатель на запись в таблице в которой это слово содержится.
Тогда в запросе будет только один LIKE к таблице словаря.

Так уже пробовал) не работает