<?php
$contet = "[li]Регулярное выражение работает[/li]";
echo preg_replace("!\[li\](.*?)\[/li\]!si","<li>\\1</li>",$content);

$text =
'Основные возможности программы:

[li]Создание списка из множества заданий с индивидуальными параметрами синхронизации для каждого задания.
Контроль ошибок во время изменения параметров синхронизации (исключает возникновение недопустимых ситуаций, например, рекурсивное копирование папок).
Запуск заданий по расписанию (через определенное время).
Гибкая настройка процесса синхронизации и обработки заданий послее ее выполнения.
Импорт и экспорт списка заданий, включая отчет, в .sfl файл с возможностью сжатия текстовых данных.
Оптимизация процесса синхронизации для разгрузки процессора.
Безопасное копирование файлов (практически исключает потерю файлов при возникновении внештатных ситуаций).
Безопасное удаление файлов (в корзину) во время синхронизации.
Ведение подробного отчета о ходе выполнения синхронизации.
Запись отчета в реальном времени в .log файл.
Запуск программы при старте системы в режиме планировщика.
Относительно небольшое потребление оперативной памяти.
Независимое сохранение настроек синхронизации (профили).
Поддержка сетевых (UNC) путей.
Интуитивно понятный и ненавязчивый интерфейс.
Возможность работы программы через меню в системном трее.
Визуализация процесса синхронизации.
Полноценная поддержка Windows Vista и 7.[/li]

Важные замечания:';

echo preg_replace_callback(
            '#(\[li\])(.*?)(\[\/li\])#is',
            'li_func',
            $text);

function li_func($m)
{
    $t = $m[2] . "\0"; // добаляем символ конца строки (не знаю, есть ли такое в php, но вроде работает)
    
    $t = preg_replace('#(.*?)(\n|\0)#is', '<li>$1</li>', $t);
    
    return '<ol>' . $t . '</ol>';
}