http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/replace.html
или лучше
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/ins...-duplicate.html

SlavaFr
уже покруче стало) только еще раз уточню. чтоб о том говорили.
Надо
1. считать все уникальные ID из первой таблицы с колонкой количество count (тут проблем нет)

id count
1 10
2 10
3 1
4 12

Далее вписать во вторую таблицу эти значения с автозаменой UPDATE `count`+ count это если ID совпадет. Если ID нет такого во второй таблице - то INSERT.

пока сделал на PHP но где-то видел что перебрасывать данные легко и самими запросами.

1) даже если mysql это может, то не надо все так усложнять.
лучше 2 понятных запроса, чем один непонятный, к томуже в твоем случае скорость особо страдать не будет

2) ты пробовал что то типа

create table test1(
id int not null,
cnt int,
primary key (id));

create table test2(
id int not null,
cnt int,
primary key (id));

insert into  test1 value(1,1);

insert into  test2 value(1,1);

insert into  test2 value(2,2);

SELECT * FROM test2;

insert into test1(id,cnt) (select  test2.id, test2.cnt from test2) ON DUPLICATE KEY UPDATE test1.cnt=test1.cnt+ test2.cnt;

select * from test1;

SlavaFr
спасибо тебе большое, погляжу. материала много)

это э тебе как раз пример твоего случая описал.

SlavaFr
ну да, по сути логично все. а такой вопрос если одно из полей (т.е. в первой таблице) не ключ, то эта конструкция уже не будет работать?

нет

SlavaFr
понял, буду думать. твою идею попробую переделать. говорят если что-то можно сделать на MYSQL делай не задумываясь это сильно упростит код, а это уже плюс.

да нет же. лучше прще и стандартно.
не надо под mysql мир подстраивать.