При запуске функции создаете глобальную переменную. Функция во время своей работы проверяем ее. А клик на ссылке уничтожает эту переменную. Функция обнаружив ее отсутствие прекращает свою работу.

Ну это самое простое решение.

А нельзя без правки самой функции? Т.е. нет ли в jquery какого-нибудь специального метода который это делает? Что-то типа:
$('#div').somefunc(); - запускаем эффект
$('#div').deleffect('somefunc') - отключаем эффект
$('#div').somefunc(); - снова запускаем

Как-то так

Просто такая ситуация, функция somefunc() меняет картинки в определенном блоке через определенное время. И мне нужно чтобы просто при нажатии ссылки этот эффект приостанавливался, т.е. как бы ставился на паузу. А затем когда мне нужно будет, запустить его, например при нажатии другой ссылки.

IPnex - я не знаю, что там можно в JQuery. Но если мыслить простым JS. То любая функция это метод глобального объекта window.

Соответственно можно сделать так:

function asd()// тут мы регистрируем новую функцию.
{
    alert(123);
}
asd(); //тут она есть
window.asd = null; //а тут заменяем ее значением null
asd(); //а тут она уже не существует

Учите JS и будете все знать.

Вот тут можно почитать если я правильно понял вопрос http://slyweb.ru/jquerydoc/die-type-n.php

можно взять переменную bool,
т.е. всегда true, а по клику false

function somefunc(go)
{
    if(go == true)
      действие;
    else
      return false;
}
$('#div').somefunc(true);
$('#div').somefunc(false);

Спасибо за ответы! Попробую