И где же здесь написано не правильно, эксперт? То, что второй параметр опущен? Автор его не написал, следует предполагать, что автору нужен смешанный массив, поскольку нам всем известно, что значение второго параметра функции mysql_fetch_array по умолчанию - MYSQL_BOTH, его писать не нужно. Да, я согласен с тем, что с вероятностью 90%, автор даже не задумывался, какие ключи ему нужны, но это дело принципа - отвечать на конкретный вопрос автора, руководствуясь его исходным кодом, а не навязывать ему свои предпочтения. Поэтому меня смутило твоё утверждение, что здесь нужно использовать mysql_fetch_assoc, когда автор об этом даже и не спрашивал. Всё, здесь больше писать ничего не буду, ибо флуд.

Ну, вы и выбирайте из массива то, что вам нужно:

$res = mysql_query("SELECT id FROM users");
while($row = mysql_fetch_row($res)) {
    $arr[] = $row[0];
}
print_r($arr);

Эм, а нельзя сразу в запросе проверить, есть ли значение в базе?

Если всё что тебе нужно, это проверить есть ли в таблице пользователь с таким id, то ничего в массив заносить не нужно, всё можно сделать посредством sql:

$res=mysql_query("SELECT COUNT(*) FROM users WHERE id='".$user_id."'") or die(mysql_error());
if(mysql_result($res, 0) > 0) {
  echo "Пользователь найден!";
}
else {
  echo "Пользователь не найден!";
}

Где $user_id содержит значение твоей гет-переменной.

А если тебе всё же нужен нумерованный массив ешё и для других целей - тогда решение выше.