<ul>
  <li>огород
  <ul>
    <li>теплица
    <ul>
      <li>огурцы
      <li>перцы 
    </ul>
  </ul>
  <ul>
    <li>грядки
    <ul>
      <li>помидоры
      <li>капуста
      <ul>
        <li>кролики
        <ul>
          <li>волки
        </ul>
      </ul>
    </ul>
  </ul>
</ul>

<?
$array[] = array(1 , огород , 0);
$array[] = array(2 , теплица , 1 );
$array[] = array(3 , огурцы , 2 );
$array[] = array(4 , перцы , 2 );
$array[] = array(5 , грядки , 1 );
$array[] = array(6 , помидоры , 5 );
$array[] = array(7 , капуста , 5 );
$array[] = array(8 , кролики , 7 );
$array[] = array(9 , волки , 8 );
$array[] = array(10, горох , 2 );
$array[] = array(11, Дом   , 0);
$array[] = array(12, Детская, 11);
$array[] = array(13, Игрушки, 12);

//Переделываем массив в таблицу
foreach ($array as $value )
    $arr[$value[0]][$value[2]]= $value[1];
get_hierarchy($arr);

function get_hierarchy($array,$x=0, $y = 1)
	{
	echo "\n".'<ul>'."\n";
	for ($y; $y <= count($array); $y++)
		{
		if ($array[$y][$x]) 
			{
			echo '<li>';
			echo $array[$y][$x];
			if ($array[($y+1)][$y]) get_hierarchy($array,$y,1);
			echo '</li>'."\n";
			}
		}
	echo '</ul>'."\n";
	}
?>

$array[] = array(1 , огород , 0);
$array[] = array(2 , теплица , 1 );
$array[] = array(3 , огурцы , 2 );
$array[] = array(4 , перцы , 2 );
$array[] = array(5 , грядки , 1 );
$array[] = array(6 , помидоры , 5 );
$array[] = array(7 , капуста , 5 );
$array[] = array(8 , кролики , 7 );
$array[] = array(9 , волки , 8 );
$array[] = array(10, горох , 2 );
$array[] = array(11, Дом   , 0);
$array[] = array(12, Детская, 11);
$array[] = array(13, Игрушки, 12);
$array[] = array(14, чили, 4);

<?php
foreach ($array as $value )
    $arr[$value[0]][$value[2]]= $value[1];

get_hierarchy($arr);

function get_hierarchy($array,$x=0)
	{
	echo "\n".'<ul>'."\n";
	for ($y = 1 ; $y <= count($array); $y++)
		{
		if ($array[$y][$x]) 
			{
			echo '<li>';
			echo $array[$y][$x];
			get_hierarchy($array,$y);
			echo '</li>'."\n";
			}
		}
	echo '</ul>'."\n";
	}
?>

foreach ($array as $value ){
	$arr[$value[2]][$value[0]]= $value[1]; // во-первых поменял структура массива $arr
}

ksort($arr);
get_hierarchy($arr,count($array));


	function get_hierarchy($array,$count,$x=0){
		if($array[$x]){
			echo '<ul>';
			for($i=$x+1;$i<=$count;$i++){
				if($array[$x][$i]){
					echo '<li>'.$array[$x][$i];
					get_hierarchy($array,$count,$i);
					echo '</li>';
				}
			}
			echo '</ul>';
		}
	}

foreach ($array as $value )
    $arr[$value[2]][$value[0]]= $value[1];

get_hierarchy($arr,count($arr));

function get_hierarchy($array,$count,$x=0)
	{
	if ($аrray[$x])
		{
		echo "\n".'<ul>'."\n";
		foreach ($array[$x] as $key => $value)
			{
			echo '<li>';
			echo $аrray[$x][$key];
			get_hierarchy($array,$count,$key);
			echo '</li>'."\n";
			}
		echo '</ul>'."\n";
		}
	}

//  вывод всего каталога в дерево
    public function build_tree()
    {
        if($clsdb->execute("
            SELECT *
            FROM `tblcats`
            WHERE `id_level` > 1
            ORDER BY `id_lk`")
        ) return ($clsdb->fetchall_assoc());
        else die('build_tree error');
    }

<script type="text/javascript" src="http://uri-test.ekks.ru/design/jquery/jquery.min.js"></script>
<!-- Древовидное меню -->
<script type="text/javascript" src="http://uri-test.ekks.ru/design/jquery/jquery.cookie.js"></script>
<script type="text/javascript" src="http://uri-test.ekks.ru/design/jquery/jquery.treeview.js"></script>
<script type="text/javascript" src="http://uri-test.ekks.ru/design/jquery/jq.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="http://uri-test.ekks.ru/design/jquery/jquery.treeview.css">

function get_hierarchy($array,$count,$x=0)
	{
	if ($array[$x])
		{
		echo '<ul class="treeview-black">';
		foreach ($array[$x] as $key => $value)
			{
			echo '<li>';
                        echo $array[$x][$key];
			get_hierarchy($array,$count,$key);
			echo '</li>';
			}
		echo '</ul>';
		}
	}
	

echo '<ul id="navigation">
<li class="filetree" ><a href="/" class="noneline">Home</a>';
$categories = mysql_query("SELECT * FROM categories ");
$items = mysql_query("SELECT * FROM subcategories ");
	while($category = mysql_fetch_array($categories)){
			$array[] = array($category['id'], '<a href="http://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].@$GLOBALS['p'].'/cat/'.$category['id'].'/'.$page_str.'">'.$category['category_name'].'</a>', $category['root_category']);
			while($item = mysql_fetch_array($items))
			{
				$array[] = array($item['id'], '<a href="http://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].@$GLOBALS['p'].'/cat/'.$item['category'].'/item/'.$item['id'].'/">'.
				$item['name'].'</a>', $item['category']);
				foreach ($array as $value )$arr[$value[2]][$value[0]]= $value[1];
			}
foreach ($array as $value )$arr[$value[2]][$value[0]]= $value[1];
}
get_hierarchy($arr,count($array));
echo '</li></ul>';