1. Любой запрос нагружает БД, один больше другой меньше. Естественно что чем меньше запросов тем лучше;
2. Не совсем понятно по коду что ты пытаешься сделать;
3. Откуда взялась переменная $user_id?

$user_id - id авторизованного пользователя который просматривает страницу, я сначала вывожу группы из БД, и потом для каждой группы делаю проверку на принадлежность авторизованного пользователя к этой группе, если он принадлежит выводит надпись "Выйти из группы", если нет - "Вступить в группу", а для этого нужно ид каждый группы, который узнаётся из цикла.

Ну в таком случае твой подход не оптимален. Можно сделать вот так:

$groupsInfo = mysql_query(
"SELECT groups.id, groups.name, groups.author_id, groups.text, groups.admin_id, groups_user.group_id, groups_user.user_id 
FROM groups 
LEFT JOIN groups_user ON (groups.id=groups_user.group_id) 
WHERE groups_user.user_id='$user_id'
);

А затем смотреть в цикли у какой из групп значение user_id будет пустым, в тех группах пользователь еще не состаит

хм... спасибо) Что то я не додумался)) А ещё если не сложно, подскажите - посмотреть пустое ли значение user_id можно также mysql_num_rows?

mysql_num_rows() возвращет количество отобранных строк для запроса SELECT и ничего более.

Ну а каким тогда способом?

Не совсем понял что тебе непонятно.

Ну для того чтобы проверить переменную на пустоту можно юзать функцию empty()

Хм... что-то не работает:

<?php
    include 'header.php';
    include 'sql.php';
    include 'user_menu.php';
?>
<div style="width:550px;float:left;">
<?php 
$groups = "SELECT * FROM groups";
$groups_result = mysql_query($groups)or die(mysql_error());
$groupsInfo = "SELECT groups.id, groups.name, groups.author_id, groups.text, groups.admin_id, groups_user.group_id, groups_user.user_id 
FROM groups LEFT JOIN groups_user ON (groups.id=groups_user.group_id) WHERE groups_user.user_id='$user_id'";
$groupsInfoResult=mysql_query($groupsInfo)or die(mysql_error());
$row=mysql_fetch_assoc($groupsInfoResult);
$idd=$row['user_id'];
while($rows=mysql_fetch_assoc($groups_result))
{
  $groups_id=$rows['id'];
  $groups_name=$rows['name'];
  $groups_description=$rows['text'];
echo "<div style=\"width:350px;float:left; margin-bottom:5px;\"><span style=\"font-size:18px; padding-left:5px; font-family: Myriad Pro; font-weight:bold;\">
$groups_name".'</span><BR>';
echo "<div style=\" padding-left:5px; padding-top:5px;\">
<div style=\"width: 50px; margin-right: 5px; margin-top: 4px; height:50px; border:5px #ffaa5e solid; float:left;\"><img src=\"/group_foto.png\"/>".'</div>';
 echo "<span style=\" font-size:14px; font-family: Myriad Pro;\">$groups_description".'</span></div>';
  echo "</div><div style=\"width:199px;float:right;\"><a href=\"out_group.php?id=$groups_id\">Выйти из группы</a><br></div>";
     if (empty($idd)){
  echo "1</div>";
  } 
}
?>

Если например группа в БД одна, то выводит всё верно, а если их две, то уже проверка неправильно идёт... Запрос проверяет только по первой группе которой находит, может нужно

$row=mysql_fetch_assoc($groupsInfoResult);
$idd=$row['user_id'];

в цикл сделать?

Добрый день в выше приведенном коде внисите $idd=$row['user_id']; в цикл и $row['user_id']; замените на $rows['user_id']; а перед циклом конструкцию $row=mysql_fetch_assoc($groupsInfoResult);
$idd=$row['user_id']; набок завалите - это каша масленая вроде все.