Хотел было тоже поковыряться в поисках решения, но это сделали быстрей меня. Оставляю здесь решение, чтобы не потерялось.
Нужно скопировать из корневого /etc в сhroot-овый etc файлы host.conf, hosts, localtime, resolv.conf, nsswitch.conf (по идеи только его должно хватить, но не уверен). Также cp -a /lib/libnss_{dns,files,compat}* /chroot/lib/ и рестарт php-fpm, чтобы glibc подхватил нужные либы
$ set CHROOT_FPM="/var/www"; echo $CHROOT_FPM;
/var/www</span>
симлинки
$ ln -s "/etc/host.conf" "$CHROOT_FPM/host.conf";
$ ln -s "/etc/hosts" "$CHROOT_FPM/hosts";
$ ln -s "/etc/localtime" "$CHROOT_FPM/localtime";
$ ln -s "/etc/resolv.conf" "$CHROOT_FPM/resolv.conf";
$ ln -s "/etc/nsswitch.conf" "$CHROOT_FPM/nsswitch.conf"</span>
симлинки на дополнительно библиотеки MySQL например
$ ln -s "/lib/" "lib"
$ mkdir -p "tmp"
$ ln -f "/tmp/mysql.sock" "$CHROOT_FPM/tmp/mysql.sock"</span>
Спустя 31 минута, 52 секунды (23.01.2010 - 04:07) PandoraBox2007 написал(а):
на примере NgINX 
в fastcgi_params коментируем

location ~ \.php$ {
................
root /var/www/rambler_ru;
.......
fastcgi_param DOCUMENT_ROOT /rambler_ru;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /rambler_ru$fastcgi_script_name;
fastcgi_param PATH_TRANSLATED /rambler_ru$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;</span>
в fastcgi_params коментируем
#fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $document_root;