Всмысле если функция определенна но не разу не использована?
Ну обычно то без этого не обойтись. Вообще да, тормозят.
1) Занимают место в оперативной памяти сервера.
2) Отнимают время на этапе интерпретации в zend engine.

Если у вас функция длиннее 500 строк и будет вызвана с вероятностью 50% и меньше - я бы подключал ее при помощи include_once. Цифры субъективны, вот просто "от балды", где-то когда-то слышал, сам профайлером не проверял.

С другой стороны... сказать "сильно тормозят" - да нет. Даже вордпресс с жумлой на хостинг-тарифах с 32-64Мб ОЗУ работают, а уж написать что-то тормознее - сложно )) Но вообще я за оптимизацию кода, вопрос правильный