Насколько я понял из задачи, то решение примерно такое
Запрос на извлечение, где поле CNT будет выводить количество строк в разделе

SELECT *,count(p.id) as cnt
       FROM r
       LEFT JOIN g ON r.id = g.id
       LEFT JOIN p ON g.id2 = p.id AND p.active = 'Y'
       WHERE r.active = 'Y'
       GROUP BY r.id
;

Таблицы

//таблица связий разделов и подразделов, соответственно айдишники ихнии
CREATE TABLE `g` (
`Id` int(11) NOT NULL,
`id2` int(11) default NULL
);

//таблица подразделов, АКТИВЕ служит вывода только активных подразделов, неактивные в счет не идут
CREATE TABLE `p` (
`Id` int(11) NOT NULL auto_increment,
`cc` varchar(255) default NULL,
`ACTIVE` varchar(1) default NULL,
PRIMARY KEY (`Id`)
);

//таблица разделов, АКТИВЕ служит вывода только активных разделов, неактивные в счет не идут
CREATE TABLE `r` (
`Id` int(11) NOT NULL auto_increment,
`xx` varchar(255) default NULL,
`ACTIVE` varchar(1) default NULL,
PRIMARY KEY (`Id`)
);


Дальше просто в коде выполняешь скл запрос приведенный, выше и определяешь по количеству подразделов, выводить ссылки или нет