У меня реализована такая система. Движок вообще от форума. Сами сайты могут располагаться не только на других доменах, но и на других серверах.
Каждый сайт - это строка в таблице ibf_categories; в движке это категория форума.
Все разделы всех сайтов - вторая таблица: ibf_forums, связанная с первой полем categories_id.
Для всех страниц всех сайтов - третья таблица: ibf_topics, связанная со второй по полю forum_id.
Все тексты в четвертой таблице: ibf_posts, связанной с третьей по полю topic_id.

По сути, вся сетка сайтов - это один большой форум с множеством категорий, в каждой категории множество форумов (и вложенных подфорумов), в которых топики с текстами.

На домены кидается только пхп-шный index.php с дизайном и с ssi-модулем, работающим с ответным ssi-модулем на форуме.

Это общая идея, там еще множество всяких мелких решений, в сумме дающих вполне приличное быстродействие и надежность.
При желании можно поднять на доменах кеширование информации, чтобы каждый раз по ssi не ломиться.