Как поведал мне мануал по PHP - сейф-комод в любом случае накладывает ограничения на функцию putenv(), ограничения в виде двух директив php.ini:
В директиве safe_mode_allowed_env_vars указываются префиксы переменных окружения, значение которых можно будет изменять с помощью putenv(), тоесть чтобы иметь возможность изменить PHP_FOO должен быть указан префикс PHP_. Если в директиве не указано ничего - с помощью putenv() можно изменить любую переменную окружения.
В директиве safe_mode_protected_env_vars указываются переменные окружения, которые нельзя изменить с помощью putenv(), она превалирует над предыдущей директивой.
Статус этих директив - PHP_INI_SYSTEM, тоесть их значение можно установить только в php.ini или httpd.conf.
Соот-но в твоем случае интерпритатор ругается что переменной окружения, кооторую пытается изменить скрипт - нет в списке разрешенных.