Я предпочитаю делать код ХТМЛ со вставками ПХП. Потому что, если всё это разнести, то сам потом через месяц уже не разберешься, что у тебя и где написано. Достаточно один раз "походить по граблям" (когда функционал раскидан по разным файлам) чтобы не мудрить без необходимости.
Отдельно (в другой файл) выношу только функции. Но, опять же, вызов этих функций - внутри "вставок" на ПХП.
Либо в отдельный файл выносятся крупные блоки, которые потом будут вставляться в основную страницу через include. Затем, при работе скрипта, в зависимости от некоторых условий будет подключен тот или другой файл.
Это дает то, что я сразу же (работаю в ДримВивере) вижу структуру своей страницы. И прекрасно понимаю, где именно я работаю в данным момент, над какой частью страницы.
Также делаю некоторые "финты ушами"

, чтобы видеть реально то, что получу в итоге (или близко к оному).
Например, часть кода вынесена в отдельный файл, который подключается потом. Как там использовать стайлы, чтобы видеть результат на этапе разработки? Но чтобы не было ничего лишнего в готовой странице?
Я делаю следующее.