Суть моей дипломной заключается в том, что мне нужно сделать некое подобие Active Directory. Только Windows машины должны авторизироваться в на UNIX сервере (LDAP).
Как это лучше всего это реализовать? Если кто-то с таким сталкивался, поделитесь опытом!
Все придумано до Вас. Все что Вам нужно, можно реализовать на Samba. Благо мануалов по этому вопросу в инете море.
Начните с посещения таких сайтов как opennet.ru и linux.ru. Почти в каждой толстой книге по Linux есть подробное описание настройки АД на Samba.